飓风米尔顿使佛罗里达各地的人们流离失所，也让成千上万的收容动物陷入困境。周五，佛罗里达的动物收容所由于风暴后动物激增而苦苦应对，并紧急迁移它们，一些甚至被送到远至马萨诸塞。包括佛罗里达北部狭长地带的阿拉夸动物保护所在内的一些临时动物撤离中心已经开放，接收来自可能发生洪水的沿海地区的动物。即便是小型收容所也在尽其所能接收动物，只要还有空余的犬舍。“许多收容所在风暴来临前就已经超负荷，”
全国性组织“最佳朋友动物协会”的紧急服务高级经理沙伦·哈瓦说，该组织协助协调整本周约250只佛罗里达收容动物的运输。哈瓦女士表示，在像米尔顿这样的事件中，收容所通常会接收一些因为人们担心流浪动物在风暴中会死亡而被带来的动物，还有一些是在风暴期间与主人走散的动物。“然后还有那些已经属于他们收容所动物群的一部分，”哈瓦女士补充道，“这可能意味着增加50、60、70，甚至100只以上的动物。”
此外，一些收容所遭受了财产损失。哈瓦女士说：“有的收容所的人们不得不涉水而行去看他们的收容所是否还能运营。”在风暴来临之前，距离劳德代尔堡西北约80英里的克鲁伊斯顿，有人把几只流浪狗带进城，这是该市警察局长托马斯·刘易斯所说的。很快，城市的动物服务部门，这只计划容纳14只狗的设施，变得拥挤不堪，突然间有了超过50只狗。而克鲁伊斯顿正处在风暴的直接路径中。
刘易斯先生想拯救这些动物，这些动物包括斗牛犬杂种和小型犬，他与位于西棕榈滩的佩吉·亚当斯动物救援联盟合作，重新安置了其中40多只。几乎所有这些都通过卡车运送到西棕榈滩。从那里，10只被飞往巴拿马城海滩，然后继续运送到北德克萨斯人道协会。刘易斯局长说，把这些动物迁移是好的，因为城镇受到了龙卷风的袭击。但他想知道，这些动物接下来会怎样。