瓦伦西亚理工大学 (UPV) 分子识别和技术开发研究所 (IDM) 与牛津大学的团队开发了一种新软件,该软件在许多其他应用中简化了药物包封分子盒的设计。名为 CageCavityCalc (C3) 的该软件可自动计算和可视化用于生物应用的分子盒的腔体大小,这些分子盒用于抗癌药物的给药等用途。这项研究发表在《化学信息与建模杂志》上。

“CageCavityCalc 软件使用了新颖的算法,能够计算分子盒的腔体大小及其疏水性和静电势等属性,这为优化分子盒设计以最有效的方式释放药物到体内提供了关键信息,”Vicente Martí-Centelles 解释到。分子盒还用于传感器和分子识别、催化等其他应用。其最佳运作的关键在于其内部腔体,以便可以包封主体分子并调节其属性。

“然而,如今设计具有特定属性的盒子是一个挑战,开发软件以帮助预测这些属性是至关重要的。我们的工作正是对这个挑战的回应,”Martí-Centelles 说道。根据 IDM 研究员的说法,迄今为止,分子属性和腔体的计算需要使用基于命令行的软件,并由用户进行参数调整。而 CageCavityCalc 拥有图形界面,使非专业人士无需计算机编程技能也能使用这一工具。

此外,腔体计算完全自动化,无需进行参数调整来进行计算。“CageCavityCalc 软件的主要优势在于其高效、易用,并且免费且开源。它简化了腔体计算,从而促进了新型功能性分子盒的开发,使其具备适合不同应用的正确属性。“简而言之,它极大地简化了这些盒子的设计,同时优化了其操作,”Martí-Centelles 总结道。